Sistem Penjaminan Mutu Universitas Andalas periode Tahun 2008-2012 sudah melekat pada struktur organisasi dan berada pada seluruh tingkatan yaitu universitas, fakultas dan program studi. Untuk membantu pelaksanaan penjaminan mutu maka telah dibentuk Badan Penjaminan Mutu (BAPEM) universitas membantu pimpinan universitas sebagai penanggung jawab penjaminan mutu di tingkat universitas. BAPEM Fakultas membantu pimpinan fakultas sebagai penanggungjawab penjaminan mutu di tingkat fakultas. Pada tingkat program studi dibentuk Gugus Kendali Mutu (GKM) untuk membantu pimpinan program studi dalam mengimplementasikan penjaminan mutu. Pada saat ini Perguruan Tinggi harus melakukan evaluasi diri secara sistemik dan berkelanjutan untuk mengutamakan mutu baik melalui: 1) Evaluasi Program Studi Berbasis Evaluasi Diri (EBSBED) atau sekarang disebut Pangkalan Data Perguruan Tinggi (PDPT); 2) Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) oleh PT sendiri; dan 3) Sistem Penjaminan Mutu (SPME) oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Substansi ketiga evaluasi tersebut semestinya diupayakan berjalan sinkron agar pelaksanaannya secara internal efektif dan efisien.